自贸试验区挂牌以来，上海口岸海关部门围绕“一线放开、二线管住、区内自由”要求，加大海关监管模式改革创新力度，先后推出11项监管制度创新举措，努力实现安全便利、有效监管。主要举措有：

　　　　一是借鉴引入负面清单管理理念。按照国际公约和国家现行管理规定，梳理发布了自贸试验区进出口（境）货物适用的贸易管制措施。明确国家4种禁止进出境和57种涉及进出口监管证件的商品不属于“一线放开”范围，对清单上的货物加强监管，对清单外的货物确保高效便捷流转。

　　　　二是推进一线进境货物“先进区、后报关”试点。已有47家区内企业参加试点，试点范围覆盖海、空运渠道。自挂牌以来截至1月底（下同），累计办理业务139票，货值2.04亿美元。企业通过海关信息化系统自助办理提货申请手续只要10分钟，货物到港后提货入区时间缩短了2-3天，企业物流成本平均减少10%。

　　　　三是启动区内货物“自行运输”试点。确定了7家试点企业、设计了4条运输路线开展试点，让企业在运输工具、物流管理方面拥有更大自主权，促进区内4个区域间货物自由流转。累计办理试点业务27票，涉及货值958.3万美元。

　　　　四是推行“分送集报”申报模式。对每月进出自贸试验区货物批次30次以上的企业，可先办理货物的实际进出区手续，货物进出区后的30日内再集中办理报关手续。较传统的逐票申报方式，货物周转速度大大加快。

　　　　五是统一简化进境备案清单。目前上海关区的特殊监管区域进出境货物采用两种备案清单格式：一种含29项申报要素，适用于外高桥保税区和物流园区；另一种含40项申报要素，适用于洋山保税港区、机场综合保税区等其他区域。为此，该关以29项申报要素为基础，探索统一简化自贸试验区备案清单格式，并向总署提交了请示方案。(中国上海门户网站)